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Le '''microbiote''' correspond à l'ensemble des micro-organismes présents à la surface du revêtement cutané.
Le '''microbiote''' correspond à l'ensemble des micro-organismes présents à la surface de la peau.
==Généralités==
==Généralités==
* Le corps humain est recouvert de très nombreux micro-organismes de façon naturelle. On considère que chaque cm² de peau humaine héberge 10<sup>6</sup>
* Le corps humain est recouvert de très nombreux micro-organismes de façon naturelle. On considère que chaque cm² de peau humaine héberge 10<sup>6</sup>.
* Ces micro-organismes vivent en symbiose avec leur hôte humain et forme le microbiote cutané.<ref>Grice EA, Segre JA The skin microbiome. Nat Rev Micobiol 2011,9:244-53</ref><ref>Chen YE, Tsao H The skin microbiome: current perspectives and future challenges J Am Acad Dermatol ;-</ref>
==Flore bactérienne cutanée==
* Les micro-organismes qui forment le microbiome cutané sont présents à la superficie de la peau, sur le ''Stratum corneum'', , sur la partie supérieure des follicules pileux et dans les conduits des glandes sébacées.
* Les bactéries peuvent également coloniser des sites que l'on supposait stériles comme le [[derme]] ou l'[[hypoderme]].<ref>Nakatsuji T et al. The microbiome extends to subepidermal compartments of normal skin. Nat Commun 2013;4:1431</ref>
* Les techniques d'identification moléculaire ont révélé une diversité d'espèces plus importante que celles mises en évidence par les techniques classiques.
* On distingue deux types de flore: la flore résidente et le flore transitoire
===Flore cutanée résidente===
* La flore résidente est aussi appelée '''commensale''', c'est à dire, vivant aux dépens de l'hôte sans lui causer de dommage.
* Les espèces Gram positif prédominent dans cette flore:
::- les staphylocoques
::- les bactéries coryneformes aérobies (''Coynébacterium spp.'')
::- les bactéries coryneformes anaérobies ( ''Propionobacterium spp.'')
* Parmi les staphylocoques à coagulases négative qui sont les espèces les plus représentés dans cette flore résidente on trouve:
::- ''S. epidermidis'' qui colonise surtout la face, les narines et le creux axillaire
::- ''S. hominis'' isolé le plus souvent dans le creux axillaire, le creux poplité et le pli inguinal
::- ''S. haemolyticus'', sur les bras, les jambes et les espaces interdigitaux
* D'autres micro-organismes participent à la composition de la flore résidente:
::- des champignons sous forme mycélienne comme ''Malssezia''
::- des bacilles Gram négatif comme ''Acinetobacter''
::- des acariens comme les ''Demodex''
::- des virus de type ''papillomavirus''
===Flore cutanée transitoire===
* On parle également de flore '''saprophyte''': les germes de cette flore ne sont pas adaptés au conditions de vie habituelle de la peau et colonisent la peau de façon transitoire.
::- Ces germes saprophytes se nourrissent de matières organiques en décomposition provenant de l'environnement.
::- Leur développement est bloqué par les germes de la flore résidente
* Ces germes colonisent surtout les parties découvertes et proviennent de l'extérieur ( environnement/ surfaces de la maison / soins...) ou d'autres flores commensales comme les flores digestives ou génitales.
* Leur présence sur la peau peut être plus durable selon les conditions écologiques locales de pH, de chaleur, d'humidité mais également en présence d'une effraction cutanée et d'une plaie.
* On trouve dans cette flore:
::- des bacilles Gram positif: ''Staphylocoque aureus'' / ''Streptocoques'' / ''Bacillus'' / ''Neisseria''
::- des bacilles Gram négatif: ''Pseudomonas''...
::- des levures: ''Candida''( albicans ou parapsilopsis )
==Variation de la composition de la flore cutanée==
* Des facteurs liés à l'hôte ou des facteurs environnementaux peuvent provoquer une variation de la composition et de la diversité bactérienne à la surface de la peau.
* Il faut savoir qu'il existe une grande variation inter individuelle: bien que sur chaque zone cutanée le microbiote cutanée soit relativement stable dans le temps chez la même personne, les espèces bactériennes peuvent varier considérablement entre les individus
===Facteurs physico chimiques===
* La composition de la flore varie selon : pH / humidité / température
* L'humidité permet le développement des bactéries Gram négatif
* Une exposition aux ultra violet peut modifier par une activité bactéricide la composition du microbiote sur les zones exposées
===Site anatomique===
* On distingue 3 types de régions cutanées au niveau desquelles des espèces différentes prolifèrent
=====Les zones grasses=====
* Visage / intérieur des oreilles / arrière du cuir chevelu / haut du torse et du dos
* Prédominance des propionibactéries
=====Les zones humides=====
* Intérieur des narines / aisselles / entre les doigts / fosse cubitale / creux poplité / plis inguinaux / sillon inter-fessier / voute planytaire / nombril
* Prédominances des corynebactéries et des staphylocoques
=====Les zones sèches=====
* Bras / paumes des mains / fesses
* Flore polymorphe avec prédominance de β-protéobactéries
===Facteurs environnementaux===
* Le climat, par les variations de température et du degré d'humidité peut modifier le microbiote
===Facteurs liés à l'hôte===
*Des pathologies sous jacentes comme le diabète, une [[dénutrition]], ou l'utilisation d'antibiotiques peuvent modifier le microbiote
* La profession, le port de certains vêtements également
* L'utilisation de savon de composition diverses et de crème émolliente peut également provoquer une variation .
== Rôles du microbiote cutané==
===Intérêts du Microbiote===
* L'interaction hôte-microbiote est bénéfique pour les deux parties . Les germes commensaux ne sont pas pathogène dans des conditions normales (pH , système immunitaire fonctionnel , fonction barrière préservée....)
* Un équilibre s'installe entre flore commensale et flore pathogène. On parle de '''''Symbiose''''' entre la peau et la flore.
* Les modifications de cet équilibre peut provoquer une modification de la composition des bactéries de la peau et/ou une altération du système immunitaire à l'origine de pathologie
===Rôle de défense contre les pathogènes===
* Les commensaux peuvent sécréter des métabolites toxiques pour inhiber la prolifération des pathogènes.<ref>Chiller K , Selkin BA, Murakawa GJ. Skin microflora and bacterial infection of the skin. J Investig Dermatol Symp Proc 2001;6:170-4</ref>
::- Certaines espèces comme S. epidermidis et Corynebacterium spp sont capables d'inhiber la prolifération de S. aureus
::- Certaines souches de S. epidermidis sécrètent une enzyme qui peut inhiber la formation d'un biofilm et la colonisation de S.aureus.
===Maintient de l'intégrité de la barrière épidermique===
* Par un phénomène de saturation, les commensaux vont entrer en compétition pour les nutriments et pour l'espace disponible, limitant ainsi la prolifération des pathogènes.<ref>Relman DA. The human microbiome: ecosystem resilience and health. Nutr Rev 2012, Suppl1:S2-9</ref>
===Maintient du système immunitaire===
==Microbiote cutanée et pathologie==
===Dermatoses inflammatoires===
* Un déséquilibre du microbiote cutané semble être impliqué de plusieurs dermatoses : acné, dermatite atopique, psoriasis, hidradénite suppurée
===[[Plaie chronique|Plaies chroniques]] et microbiote cutané===
* Sur les [[Plaie chronique|plaies chroniques]], les bactéries existent sous forme de bactérie planctoniques (libres) ou sous forme de biofilm.
* Le biofilm est un mode d'organisation et de vie bactérienne très particulier.
* Les études initiales de James ont rapporté que 60% des [[Plaie chronique|plaies chroniques]] étaient colonisées par un biofilm contre 6% seulement pour les plaies aiguës.<ref>James JA, Swogger E, Wolcott R et al. Biofilms in chronic wounds. Wound Rep Reg 2008,16:234-40</ref>
====Composition du biofilm====
* Bactéries d'une ou plusieurs espèces attachées de façon irréversible à une surface
* Englobées dans un matrice de substances extracellulaires polymériques qu'elles fabriquent.
====Organisation du biofilm====
* La formation du biofilm est sous la dépendance de signaux chimiques entre les bactéries permettant sa formation : on parle du '''Quorum sensing'''. Ces signaux permettent
::-la production de la matrice
::-les interactions synergiques ou antagonistes entre les bactéries
::-les changements phénotypiques des bactéries
====Conséquences du biofilm====
* Une des conséquences essentielle est la résistance aux antibiotiques avec des concentrations minimales inhibitrices (CMI) 100 à 1000 fois supérieure à celles des bactéries planctoniques.
* La résistance aux antibiotiques est multifactorielle
::- Présence de la matrice qui serait une barrière physique et/ou chimique à la pénétration des antibiotiques
::- Modulation de l'expression des facteurs de virulences
::- Résistance des bactéries aux défenses immunitaires de l'hôte.
==Références==